Задачу проверки обновлений нужно использовать на ограниченном списке рабочих станций, предназначенных для тестирования баз. И перезагрузку убирать в этой задаче не стоит. Проверка баз работает следующим образом - после загрузки новых баз они обновляются только на специально выделенных компьютерах, выполняется полная проверка и перезагрузка. Сделано это дял определения случая, если новые базы будут содержать ошибку и в результате антивирусной проверки будет удалена часть системных файлов, необходимых для загрузки системы. Если ошибок в процессе проверки не случается- базы обновляются на оставшихся компьютерах.
В вашем же случае проверка видимо производится на всех компьютерах сразу. Смысл в ней теряется, проще этот функционал вообще отключить.