Написал в техподдержку, дали нормальный ответ и всё заработало.
"Данная ситуация возникает по той причине, что Kaspersky Security Center не обладает информацией об исполняемых файлах на устройстве и соотвественно не может выполнить с ними какие-либо операции. Локально, Kaspersky Endpoint Security видит данную информацию и поэтому Вы можете редактировать группы доверия.
Для передачи данных об исполняемых файлах на Сервер администрирования, пожалуйста,выполнить следующие действия:
1) Открыть свойства политики для Kaspersky Endpoint Security 11 и перейти в раздел "Общие параметры", подраздел "Отчеты и хранение"
2) В рабочей области открыть настройки передачи данных на Сервер администрирования и убедиться, что включена опция "О запускаемых программах". При необходимости внесите изменения, сохраните политику и дождитесь ее применения.
3) После применения политики, необходимо создать задачу "Инвентаризация" для Kaspersky Endpoint Security 11. Включенная ранее опция позволит передать антивирусной программе информацию об исполняемых файлах на устройстве на Сервер администрирования для дальнейшей работы с ними. Для уменьшения времени получения информации об исполняемых файлах, предлагаю запустить задачу на одном или двух устройствах.
4) По завершении задачи "Инвентаризация" убедитесь, что Сервер администрирования получил информацию, перейдя в раздел "Исполняемые файлы". Контейнер находится в ветке "Дополнительно" -> "Управление программами". Если список исполняемых файлов будет пуст, то необходимо ожидать от 15 минут до часа, пока Kaspersky Security Center сформирует список полученных исполняемых файлов.
5) Теперь, обладая информацией об исполняемых файлах Вы можете поместить ее в доверенную группу через политику для Kaspersky Endpoint Security 11."
