То есть, если я правильно понимаю, условно говоря на одном компе у вас Win 10 c Kaspersky Industrial Security for Nodes 2.6, который вы затем обновили до 3.2, а также компьютер с WS2012R2 на котором также Kaspersky Industrial Security for Nodes 2.6 обновлен до 3.2. Затем вы подключались по RD Shadow с WS2012R2 до компьютера с Win 10 и у вас все работало?
По отдельности с компьютеров обновленных до 3.2, подключение до других машин у которых не было обновления до 3.2 работает, не работает до машин с обновлением. Т.е. получается клиентская часть подключения по RD Shadow не срабатывает.