Success

Получилось синхронизировать с сервером. Дело оказалось все таки в сертификате klsrvmob.cer.
Переносил раньше со старого Windows Server сервер KSC на другой с другим сетевым именем, восстанавливал из бэкапа и сертификат восстановился со старым именем сервера. Перевыпустил и поменял имя на актуальный и заработало)
Всем спасибо!

Настроил новый сервер KSC через алиас ДНС, все компьютеры обращаются к серверу нормально, сбоев не обнаружил. Но все же привожу ответ от ТП.
"Для подключения используется подлинное имя, либо проводить подключение по IP. Есть описанные методы перехода на новый сервер которые гарантируют нормальную работу, все остальные методы являются не поддерживаемыми. Во всей документации описана гарантированно стабильная работа. Возможно алиас и срабатывает в отдельных случаях, как в Вашем, но что может в дальнейшем произойти при таком способе связи мы сказать не можем."

Дождался совместный ответ от ТП и Разработчиков. Привожу ответ, может кому пригодится.
"Если СУБД SQL Express будет разворачиваться с нуля (как и сервер KSC), то данные параметры должны выбираться по умолчанию при установке (Cyrillic_General_CI_AS). То есть изменять параметры СУБД, которые не указаны в документации к продукту, не нужно.
На корректность работы сервера KSC данный параметр не влияет. Collation влияет на параметры сортировки, например, при построении выборок. То есть влияет на отображение информации в консоли СУБД, но не на корректность работы KSC."