Проблему недавно решили, техподдержка предложила перейти с 13-й версии на 14-ю + отправила фикс для нее. Перед фиксом запустил задачу с обновленным сервером - очень долго выполнялась, но выполнилась. Посмотрим как дальше себя поведет.
Исходя из этого возникает подозрение, что несоответствие версий агентов с сервером может вызвать данную проблему - некоторые сервера и рабочие станции были с новым агентом. Либо переход пофиксил что-то.