У меня был парк из 700 пк, я в статистики сервера администрирования смотрел какие есть версии агента и kes и делал выборку по ним и начинал с наименьшей обновлять по 20-30 пк за раз чтобы если будут проблемы можно было их решать не спеша. Проблемы были пару раз после обновления с 11.6 на 11.7 на windows 8.1 после обновления переставали работать usb и ethernet, всякие тесты и чистилки не помогали только снос винды и с 0 установка всего по снова помогало установить 11.7
Бывало что агент не ставился средствами ksс запускал повторно задачу и устанавливался. Большинство пользователей месяцами не перезагружают машины свои, поэтому делал уведомление каждые 5 минут и через 6 повторений делал хард резет) приходили пару человек жаловались из 700 юзеров, но я им говорил что предупреждал и говорил что я делаю это по приказу ОИБ если есть претензии пусть идут им предъявляют и тут сразу все сливались.