Ответ от поддержки Касперского по поводу данной проблемы:
Получил ответ от разработчиков. В текущей версии продукта исправить проблему мы не сможем, но исправление в следующей версии сделаем.
Как альтернативное решение - Вы можете выставить серверный флаг
klscflag -fset -pv klserver -n SrvOfflineUpdatesDelaySecPerThousand -t d -v 0
Установка серверного флага решает проблему.