Hay mucha diferencia. No es lo mismo dejar entrar en tu casa a solo tu familia a que pueda entrar todo dios je,je. Es decir, si permites todo al emule, sólo dejas que esa aplicación utilice los puertos que crea necesarios para poder recibir datos. Es la regla que utilizan la mayoría de firewalls y que menos problemas da. Sin embargo si desactivas el firewall estás expuesto a cualquier ataque o intrusión en la red por cualquiera de los puertos que tengas abiertos, sería mucho más fácill que te entraran troyanos y otras amenazas. Yo siempre lo he utilizado con ese regla y nunca he tenido problemas. Que se puede hacer de una forma estricta, por supuesto, pero no sé si merece la pena por los problemas que te pueda dar el crear las reglas adecuadas (yo ya desistí de intentarlo) y el tiempo que pierdas. Digamos que esa regla sería lo más sencillo y con una seguridad relativamente elevada. Si me equivoco, que alguien me corrija.
Un saludo