Hola, asegúrate de que estas instalando un paquete especifico para Windows Server 2003.
Ver esta página
http://www.kaspersky.com/anti-virus_windows_server.
Antes de nada tienes que limpiar el sistema y registro de Windows. Desinstalar el KAV
que tuvieras antes con herramienta
KAVRemover9 ,
crea un report de sistema en
GSI Parser, elimina lo que entre
en conflicto con Kaspersky y reinstala KAV de nuevo. si necesitas ayuda, pasas tu consulta por aquí.