Bueno mi duda es si repercute tener activado el modo invisible dentro de las configuraciones de zonas en el firewall para el buen fucionamiento de programas como emule y utorrent ..
Gracias por vuestra ayuda..

La teoría y mi experiencia personal me dicen que no.
Siempre tengo el modo invisible activado y no he tenido problemas con P2P. Los problemas pueden venir con programas que hace de servidor como servidores web, ftp, vnc server, etc. Es decir cuando no inicias la comunicación sino que la inician desde fuera.
Saludos

Comparto la opinion de RadarpSP.

Saludos