Проблема в том что при обновлении Updater'ом в папках с обновлениями отсутствует файл klwtbbho.dll, хотя в файле kav9exec-0607g.xml его объявление присутствует. И при обновлении, KIS наталкивается на это разногласие и завершает обновление с ошибкой.
Подскажите в чём проблема?

У меня есть.

Выложите сюда вашу строчку компонентов:
component=…?
из файла ss_storage.ini

component=ADB;ADBU;AH;AH2I386;AH2X64;AP;APU;ARK;AS;ASTRM;BB;BB2;BLST;BLST2;BSS;C
ORE;EMU;HIPS;HIPS2;INFO;KAV8EXEC;KAV9EXEC;KDB;KDBI386;KSN;PARCTL;PAS;PAS4;QSCAN;R
T;SSA;UPDATER;VLNS;WA;WAVI386;WMUF

Вроде разобрался. У меня раньше стоял переключатель "Обновлять базы и программные модули", но недавно он почему-то переключился на "Только базы". При этом Updater загружает только базы, а файл kav9exec-0607g.xml загружается с учётом загрузки программных модулей. Из-за этого и произошла неразбериха. Подправьте этот глюк пожалуйста.

Если я Вас правильно поняла, то Updater скачивал только "Базы", а KIS просил еще и модули. Вот и вылезла ошибка.
Если KIS настроить так, чтобы модули он не запрашивал, то искать на источнике файл kav9exec-0607g.xml он вообще не будет.